El Consejo del Instituto Nacional de Derechos Humanos (INDH) es el organismo encargado de tomar las decisiones institucionales más relevantes. Este Consejo está integrado por 11 personas de reconocida trayectoria en el ámbito de los derechos humanos que son nombradas por un período de seis años. Los/as integrantes del Consejo eligen entre ellos/as y por mayoría absoluta a un/a director/a, quien tiene dedicación exclusiva y se encarga de la dirección ejecutiva, gestión, administración y representación legal de la institución.
A fin de garantizar el pluralismo y la diversidad en la composición del Consejo, sus integrantes se eligen de la siguiente manera:
- Dos consejeros/as designados/as por e/la Presidente/a de la República, quienes deberán ser de distintas regiones del país.
- Dos consejeros/as designados/as por el Senado.
- Dos consejeros/as designados/as por la Cámara de Diputados.
- Un/a consejero/a designado/a por los/as decanos/as de las Facultades de Derecho de las universidades integrantes del Consejo de Rectores y de universidades autónomas
- Cuatro consejeros/as designados/as en la forma que establezcan los estatutos, por las instituciones vinculadas a la defensa y promoción de los derechos humanos que gocen de personalidad jurídica vigente, inscritas en el registro respectivo que llevará el Instituto.
Comisiones internas de trabajo
Para el desarrollo de sus tareas, el Consejo podrá establecer comisiones internas de trabajo, que se encargarán de tareas o materias específicas que sean propias del Instituto. Cada comisión será presidida por un/a miembro del Consejo y se podrá invitar a participar de ellas a personas destacadas y de probada experiencia en la materia de que se trate.