El INDH, presentó ante el Tribunal Constitucional, un amicus curiae en el control de constitucionalidad preventivo del proyecto de ley que modifica el sistema de justicia militar, planteando a la judicatura constitucional una serie de reparos a la constitucionalidad del proyecto. Para el Instituto Nacional de Derechos Humanos, el proyecto de ley contiene algunas normas permanentes y transitorias que, de aplicarse, vulnerarán los derechos humanos de la igualdad ante la ley y el debido proceso.

El principio de igualdad se verá seriamente afectado, si sólo se traspasan a la justicia civil el conocimiento de los casos en que civiles sean imputados de cometer un delito, y se mantenga en la justicia militar el juzgamiento de aquellos hechos en que civiles sean víctimas de delitos cometidos por militares. Asimismo, el proyecto permite que los antecedentes de los procesos tramitados por la justicia militar, no puedan ser revisados en cuanto a su licitud por la justicia civil, lo que abre la puerta a que se pueda condenar sobre la base de prueba obtenida con infracción de derechos humanos, lo que no es admisible en el marco de un debido proceso.