En 2013, en el marco de un allanamiento, dos internos del penal de Calama resultaron heridos de diversa consideración: Uno con un brazo quebrado y el otro con cortes en varias partes del cuerpo, producto de los vejámenes que les infringieron funcionarios de Gendarmería de Chile. Estos y otros hechos motivaron a que el Instituto Nacional de Derechos Humanos (INDH) presentara una querella por torturas.
Las condenas de la acción legal emitidas por la corte sentenciaron a tres de los gendarmes implicados, uno a 61 días mientras los otros dos a 601 días de presidio menor en su grado mínimo, cesando además la posibilidad de que los condenados ejerzan cualquier tipo cargo público mientras la pena se encuentre vigente. Cabe señalar que dados los antecedentes de los culpables las penas fueron reemplazadas por otras de tipo sustitutivas.
Entre los otros hechos que motivaron la condena se encuentran un desalojo de respuesta a los desordenes realizados por otros internos por los castigos que sufrieron sus compañeros. En dicho procedimiento resultaron con lesiones 22 internos, 11 de ellos de gravedad, quienes debieron ser trasladados hasta la ciudad de Antofagasta para su atención médica.
